Tại phía tây, hoàng đế đã cho tổ chức các lãnh địa Đông La Mã bị đe dọa ở Ý và châu Phi thành các exarchates (trấn khu) dưới sự cai trị của các thống đốc quân sự hoặc quan trấn thủ gọi là exarch, lần lượt vào năm 584 và 591. Các quan trấn thủ ít nhiều gì cũng được nắm toàn quyền quân sự và dân sự. Đây là một trường hợp ngoại lệ đáng chú ý đến việc tách biệt thông thường quyền lực quân sự và dân sự vào thời đó. Bằng cách thành lập Trấn khu Ravenna, Mauricius đã làm chậm đà tiến công của người Lombard vào đất Ý.

Năm 597, Mauricius với cơ thể ốm yếu đã viết di chúc cuối cùng mà ông đã mô tả ý tưởng của mình về việc quản lý Đế quốc Đông La Mã. Theo đó thì người con trưởng là Theodosius sẽ cai trị miền Đông từ Constantinopolis; người con thứ là Tiberius sẽ cai trị miền Tây từ Roma. Một số nhà sử học tin rằng ông có ý định để cho người con út của mình nắm quyền cai trị từ Alexandria, Carthage và Antiochia. Mục đích của ông là để duy trì sự thống nhất của đế quốc, khiến cho ý tưởng này rất giống với thiết chế Tetrarchy (Tứ đầu chế) của Diocletianus. Tuy nhiên, cái chết tàn bạo của Mauricius đã ngăn cản những kế hoạch sắp trở thành hiện thực. Về các vấn đề tôn giáo, Mauricius đã rất khoan dung đối với phái Nhất tính thuyết (Monophysitism) dù ông là một người ủng hộ Công đồng Chalcedon. Hoàng đế cũng có mâu thuẫn với Giáo hoàng Gregory I về vấn đề phòng thủ thành Roma sau này nhằm đối phó sự xâm nhập của người Lombard.[10]

Những nỗ lực của Mauricius nhằm củng cố đế chế dù chậm nhưng đều tỏ ra khá thành công, đặc biệt là do cầu hòa với người Ba Tư. Dù sự tín nhiệm của dân chúng dành cho hoàng đế lúc đầu dường như đã suy giảm trong suốt Triều đại, hầu hết là do các chính sách tài chính của ông. Năm 588, ông đã công bố cắt giảm tiền lương của quân đội xuống còn 25%, dẫn đến một cuộc nổi loạn tai hại của binh sĩ trên mặt trận Ba Tư. Ông từ chối trả một khoản tiền chuộc rất nhỏ vào năm 599 hoặc 600 để giải thoát 12.000 lính Đông La Mã bị người Avar bắt làm tù binh. Số tù binh này liền bị giết sạch, và một phái đoàn quân sự phản đối, do một sĩ quan đứng đầu tên là Phocas (về sau trở thành hoàng đế Phocas) đã bị sỉ nhục và bị từ chối ở Constantinopolis.